W latach 1934-1938 rozbudowano kościół Najświętszej Maryji Panny Królowej Aniołów w Białym Dunajcu. W 1938 roku erygowana została parafia Biały Dunajec, a Bańska weszła w jej skład. Pierwszym proboszczem został wikary z Szaflar ks. Władysław Puczka, który pełnił swą funkcję w latach 1938-1978.
Mieszkańcy Bańskiej stale myśleli o budowie kościoła czy kaplicy w swojej wsi.
W 1986 roku mieszkający w USA Bobakowie i Marusarze pochodzący z Bańskiej przekazali aktem notarialnym na ręce proboszcza parafii białodunajeckiej ks. Zdzisława Dobrzańskiego parcelę pod budowę kościoła. Powołano komitet budowy kościoła i zamówiono projekt budowy kościoła u inżyniera Jana Dziubasa. Prace przy budowie kościoła ruszyły 19 marca 1990 roku. Kamień węgielny wmurowano 18 czerwca 1992 roku w dzień Bożego Ciała, w uroczystościach wziął udział pochodzący z Bańskiej ks. prałat Władysław Sieczka oraz wójt Szaflar Stanisław Ślimak. Msze święte odbywały się w podpiwniczeniach kościoła m.in. w dzień patronki kościoła Matki Bożej Fatimskiej 13 maja 1993 roku mszę koncelebrował pochodzący z Bańskiej ks. Tadeusz Dziedzic pracujący na co dzień na misji w Tanzanii.
5 września 1995 roku do budującego się kościoła przywieziono figurkę Matki Bożej Fatimskiej sprowadzoną przez ks. kustosza Mirosława Drozdka z Sanktuarium na Krzeptówkach w Zakopanem. Na dzień 6 listopada 1995 roku zaplanowano poświęcenie kościoła. Zawieje, zaspy, ochłodzenie utrudniły uroczystości na które przybyli ks kardynał metropolita krakowski Franciszek Macharski, ks prałat Władysław Sieczka, pochodzące z Bańskiej siostry służebniczki Maria i Anna Zalińskie. Odprawiono uroczystą mszę święta, odśpiewano „Te Deum”, homilię wygłosił Jego Eminencja ks. kardynał Franciszek Macharski.
Pierwszy chrzest w nowym kościele miał miejsce 12 listopada 1995 roku był to chrzest córki Krystyny i Stanisława Rzepka. Pierwszy sakrament małżeństwa został udzielony pod koniec stycznia 1996 roku córce Zofii i Władysława Jarząbków z Janem Zapotocznym ze Skrzypnego. Pierwszym kościelnym został Zbigniew Szczechowicz, który pełnił swą funkcję do 2005 roku, kolejnym został Tadeusz Czernik pełniący swe obowiązki do chwili obecnej.
20 września 1996 roku ks biskup Kazimierz Nycz poświęcił cmentarz na Bańskiej. Pierwszy pogrzeb śp.Mariana Cisonia odbył się 12 października tego roku,rozpoczęto także ekshumację zwłok na cmentarz w Bańskiej z innych cmentarzy.
W roku 1997 Ojciec Święty Jan Paweł II 7 czerwca konsekrował sanktuarium na Krzeptówkach, następnie jadąc przez Kościelisko, Salamandrę, Gubałówkę, Ząb, Bustryk, Sierockie, Bańską Wyżną, Bańską Niżną, Maruszynę do Ludźmierza zatrzymał się koło kościoła, który pobłogosławił. Pielgrzymka i błogosławieństwo papieża Polaka, dziś świętego to wielkie wydarzenie w historii wsi i jej mieszkańców.
W tym samym roku końcem października wciągnięto dzwony do wieży kościoła Matki Bożej Fatimskiej w Bańskiej Wyżnej.
W 2005 roku parafię Biały Dunajec wizytował biskup Józef Guzdek.
Mieszkańcy wsi zaczęli zabiegi w kurii krakowskiej o ustanowienie parafii Bańska Wyżna, ostatecznie dekretem arcybiskupa metropolity krakowskiego kardynała Stanisława Dziwisza z 20 listopada 2006 roku erygowano parafię pod wezwaniem Matki Bożej Fatimskiej w Bańskiej Wyżnej z dniem 3 grudnia 2006 roku. Pierwszym proboszczem został przebywający od 1 lipca 2006 roku w Bańskiej ks. Adam Mroczek. Nowa parafia liczyła ok. 580 wiernych. Dla Bańskiej i jej mieszkańców rozpoczęło się życie samodzielnej wspólnoty parafialnej. 6 maja 2007 roku odbyła się pierwsza I Komunia Święta, a 12 maja ks. biskup Józef Guzek udzielił sakramentu bierzmowania. Następnego dnia miał miejsce pierwszy odpust nowej parafii.10 czerwca 2007 roku parafię w Bańskiej Wyżnej wizytował ks. kardynał Stanisław Dziwisz, który pragnął nawiedzić i pomodlić się pod Krzyżem Papieskim spod krokwi znajdującym się w tutejszym kościele, oraz relikwie Św. Dzieci z Fatimy Franciszka, Hiacynty i Łucji.
Zbudowano ogrodzenie kościoła i przystąpiono do budowy plebanii.
W 2010 roku parafię wizytował ks. dziekan Franciszek Juchas, a we wrześniu 2011 roku ks. biskup Jan Zając.
W dniach 29-30 kwietnia 2012 roku miało miejsce nawiedzenie naszej parafii przez obraz Pana Jezusa Miłosiernego i relikwii św. Faustyny oraz błogosławionego Jana Pawła II, co było wielkim i doniosłym wydarzeniem duchowym dla wspólnoty parafialnej.
30 czerwca 2012 roku ks. proboszcz Adam Mroczek został przeniesiony do Sidziny, gdzie został kapelanem sióstr Służebniczek Staromiejskich.
Z dniem 1 lipca 2012 roku obowiązki proboszcza parafii w Bańskiej Wyżnej objął ks. Mirosław Mężyński, który swoje obowiązki duszpasterskie pełni do chwili obecnej. W 2013 roku ukończono budowę plebanii w której zamieszkał ks. proboszcz.